21.ledna 2003 proběhla volba předsedy a místopředsedy Ekumenické rady církví. Zasedání prezidia se konalo v budově České biskupské konference, v Thákurově ulici, v Praze - Dejvicích, kde se také večer, v kostele sv. Vojtěcha, konala ekumenická bohoslužba v rámci Týdne modliteb za jednotu křesťanů. Bohoslužbě předsedal arcibiskup pražský, kardinál Miloslav Vlk a představitelé církví ERC se jí taktéž zúčastnili.
Prezidium, jako nejvyšší orgán ERC, volí každé dva roky ze svého středu předsedu a místopředsedu ERC. Kandidáti na funkci předsedy ERC byli navrženi: dosavadní předseda ERC biskup Vladislav Volný, předseda rady Církve bratrské Pavel Černý, arcibiskup pražský a českých zemí Pravoslavné církve Kryštof a patriarcha Církve československé husitské Jan Schwarz. Na místopředsedu byli navrženi, kromě biskupa Volného, všichni výše jmenovaní. Volba proběhla ve dvou kolech, neboť ke zvolení předsedy ERC je potřebná nadpoloviční většina hlasů přítomných členů s plným členstvím. Protože ani jeden z kandidátů tuto podmínku nesplnil, proběhla tzv. užší volba ze dvou kandidátů, kteří dostali v prvním kole nejvyšší počet hlasů. Staronovým předsedou ERC se stal biskup Slezské církve evangelické a.v. Vladislav Volný. Místopředsedou byl zvolen v prvním kole Pavel Černý.
Dále se na prezidiu jednalo o registraci ERC u ministerstva kultury. JUDr. Pavel Šimek (ČCE) předložil prezidiu návrh postupu, jak v registraci postupovat a také informoval přítomné, v jakém stadiu jsou jednání s MK.
Vl. Volný (jako předseda ERC) a Jitka Krausová (vedoucí tajemnice ERC) přednesli výroční zprávy o činnosti ERC a o práci sekretariátu v roce 2002.